其主要病蟲害及防治方法以如下：
⑴牡丹灰霉病
灰霉病是世界上牡丹的重要病害之一，在我國也時有發生，上海、鄭州等地較嚴重。該病在牡丹的生長季節均可發生，對幼嫩植株危害嚴重，引起幼苗的倒伏、枯萎。
防治： ①減少侵染來源：秋季清除病株的枯枝落葉，春季發病時摘除病芽、病葉，對病殘體進行深埋處理。②生長季節化學防治：生長季節一旦發病可采用下列藥劑進行噴霧防治：1%石灰等量式波爾多液，70%甲基托布津1000倍液，65%代森鋅500倍液，或50%氯硝胺1000倍液。每隔10天－15天噴1次，連續噴2次-3次。③加強栽培管理：栽植密度要適度；雨后及時排水，株叢基部不要培濕土；重病區要實行輪作；栽植無病種苗，苗木可用65%代森鋅300倍液浸泡10－15分鐘。
⑵牡丹褐斑病
褐斑病又叫紅斑病，是牡丹常發生的世界性病害。常引起葉片早枯，影響牡丹的生長勢。
防治： ①減少侵染來源：秋季徹底清除地上的病殘體；早春植株萌動前噴 50%多菌靈600倍液或3度的石硫合劑，殺滅植株上的病菌。②生長季節的化學防治中：發病后噴50%多菌靈1000倍液，或65%代森鋅500－600倍液，7天-10天噴1次， 連續噴3次－4次。③加強栽培管理：栽植密度適度，施有機肥及復合肥。
⑶牡丹炭疽病
炭疽病是我國牡丹常見的病害，北京、南京、上海、無錫、鄭州、西安等地發病較生。美國、日本等國也有報道。炭疽病常使牡丹葉懲枯斑連片，病莖扭曲，幼嫩枝條枯死。
防治：①減少侵染來源，方法同牡丹褐斑病。②生長季節的化學防治：發病初期(5月－6月)噴70%炭疽福美500倍液，或1%石灰等量式波爾多液，或65%代森鋅500倍液。10天－15天1次，共噴2次－3次。
⑷牡丹輪斑病
輪斑病又名白星病，也是牡丹常見的一種葉斑病，長沙、鄭州、貴陽、北京等地發病較重。
防治：①減少侵染來源：及時清除病株落葉，植株萌動前噴灑3 度石硫合劑，殺滅牡丹植株上的病菌。②生長期化學防治：噴1%石灰等量式波爾多液，或50% 退菌特800倍液，或65%代森鋅500倍液。發病后連續噴2次－3次(每天10天－15天1次)。③加強栽培管理：種植密度合適，通風透光好。
⑸牡丹葉枯病
該病在我國發生較普遍，成都、北京等地發病嚴重，引起牡丹早落葉。前蘇聯、日本等國也有報道。
⑹牡丹枝枯病
牡丹枝枯病侵染牡丹的莖干、枝條等部位。莖干上發病為淺褐色病斑，逐漸擴展為紅褐色橢圓形病斑。病斑可繞莖干一周，使病斑以上的枝干迅速死亡。秋季，病斑上出現黑色小點粒，即為病原菌的分生孢子器。芽 受侵染變為褐色，枯死芽能長期殘留在植株上。該病由真菌引起。
發病條件： 病原菌主要從傷口侵入。傷口多、植株生長衰弱有利于病害發生。
防治： ①加強栽培管理，增強生長勢，減少傷口，提高抗病性。②化學防治：參看牡丹褐斑病。
⑺牡丹根結線蟲病
牡丹根結線蟲病發生較普遍，國內外均有報道。近10余年來，根結線蟲病成為我國牡丹根系的最重要病害，引起早落葉。發病重時，牡丹葉片8月份全部落光。連年發生，植株上長矮化、葉小、花小或不開花。 該病在我國河南、山東、北京、江蘇等省市均有不同程度的發生。
防治：①加強檢疫，防止疫區擴大。引種工作中發現病苗必須處理：用0.1%甲荃異柳磷浸泡30分鐘，或在48℃-49℃的溫水中浸泡30分鐘。②田間化學防治：15%的涕滅威顆粒劑穴施，每株5g－10g，穴深10cm左右。5月初用藥(北京)，1年1次。③病上處理：用熱力或農藥消毒。常用農藥有溴烷、涕滅威、克線磷等。土壤也可用干燥、高溫消毒，如盆土干燥30天(含水量達0.17%)后沒有線蟲存活。
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