１、查找案件的線索難。從瀆職犯罪的特點可以看出，主觀上有些為了小集團利益，怕丟了“大獎牌”，不愿意移送或提供案件線索；客觀上有的認為這是工作失誤，是內部矛盾，是官僚主義，不是瀆職犯罪，加之怕影響工作的積極性，根本不會移送線索。
　　２、證據的調查取證難。有的地方或部門為了自身利益，不愿意配合，加之保護層厚，查辦下邊的就會去找上邊的保護層和關系網，要取得證據十分的困難。

　　３、查處犯罪的環節多。公安機關偵查往往是“以事找人”，如發生了殺人案件，在確定現場后，就去找人、查找兇手，最終確定兇手。而對檢察機關來說，是“以人去找事”，如有人舉報貪污的人后，就去查找貪污的事實、手段等。而瀆職犯罪的查處，他的環節比較多，先有結果，再去查責任；有責任，再去查產生責任的原因；有原因，再去查這個人應該承擔什么刑事責任。因此，環節較多，并且每個環節都必須有證據，形成證據鏈后才能確認犯罪事實是否成立。這也是收集證據比較難的一個原因。
 
　　４、瀆職犯罪案件的形式有其特點。表現為：第一，案案都有大量的書證和物證，特別是物證。如造成嚴重后果的樓房倒塌、違法發放林木采伐許可證、環境監管失職等。第二，案案都有現實的危害性，并且這種危害性有危害后果和結果。第三，每個瀆職犯罪案件都是由國家機關工作人員故意或過失造成的，行為和結果之間有必然的因果關系。