１、從瀆職犯罪的主觀方面來看，有的領導干部缺乏對瀆職犯罪嚴重性、重要性的認識，沒有把懲治瀆職犯罪這種不揣腰包的腐敗提高到應有的位置上看待。從理念上講，一個傳統觀念，認為瀆職是內部矛盾、是工作過失行為，理念上已經脫離了當前的實際，以致以保護干部的工作積極性為由，對檢察機關的查處工作進行干擾。有的地方和部門領導干部從自身利益出發，搞地方或部門主義，即使發現瀆職犯罪線索他們既不舉報，也不報告，更不移送材料。他們認為把瀆職犯罪查處了，就會被追究領導責任。雖然瀆職犯罪得到了查處，但得到的是小獎牌，丟掉的是大獎牌。所以從利益的角度來說，他就不會支持檢察機關去查處瀆職犯罪，就回千方百計地阻撓檢察機關查辦瀆職犯罪。可見，從領導干部和社會角度來看，整體的認知程度較低。　
 
　　２、瀆職犯罪的主體是“有權人”，他們手中掌握了國家的權利，代表了國家的形象，而我們計劃經濟的東西還存在，權大于法的信仰到處都是，要查處瀆職問題難度很大，這個問題構成我們懲治瀆職犯罪的非常大的障礙。

　　３、從瀆職犯罪的客觀方面講，瀆職犯罪主體是國家機關工作人員。從現行刑罰工作的情況看，主體雖然僅限于國家機關工作人員。但這些人員手中都有一定的權利，屬于“實力派、實權派”，他們的文化素質較高，社會關系廣，關系網密，保護層厚，如要查辦他們的瀆職犯罪難度相當大。特別是檢察機關在查辦司法人員和行政執法人員瀆職犯罪時，這些人熟悉辦案的法律和程序，對辦案的要求、手段十分了解。因此，他們自我保護，反偵查的水平較強，增加了查處的難度和取證的難度。
 
　　４、瀆職犯罪本身比較復雜，涉及的責任人員多，適用的法律法規廣，各種法律責任和行政責任交織在一起。所以，要查處這種復雜案件，在取證上比較困難，在人員素質的要求上相對較高。

　　５、瀆職犯罪往往和地方保護主義相關。在瀆職犯罪的背后，有大量的地方保護主義存在，所以在處理中容易遇到地方權利的抵制，他們以發展地方經濟為借口，即使產生嚴重后果，也不追究。在處理中容易遇到地方權利的抵制，給檢察機關獨立行使檢察權帶來一定的難度。

　　６、觀念上“君貴民輕”的思想還比較嚴重。　　　
 
　　７、所有的瀆職犯罪案件所針對的是國家機關工作人員，而在很多案件中，國家機關工作人員的身份很難界定。比如，有的國家機關換個民義辦公司，有的國家機關工作人員不顧國家禁令，一身二任，在企業中擔任實職。　　　
 
　　８、瀆職犯罪的法律關系大都非常復雜，有時候涉及整個地區或整個行業，牽涉很多人員，給案件的定性帶來困難。

　　９、由于以上原因所決定，懲治瀆職犯罪的成本很高，一個案件拖幾年是經常的事情，影響了打擊的力度。　
 
　　１０、刑法本身存在一些疏漏的問題，如玩忽職守等案件的損失和后果如何量化問題，對不可計算的后果怎么掌握等等，在司法實踐中往往不好把握，不利于懲治犯罪。實踐中我們遇到這樣一個案件：２００３年９至１０月，某縣林業局為所轄某鄉鎮下達了該鎮２００３年度的培植材采伐計劃１９２６．２立方米。２００４年元月４日，又下達了２００４年的培植材采伐計劃３２６０立方米。該鄉鎮將其中的２０５０立方米計劃分解到各村。元月１３日前，該鎮農戶在自上而下逐極申報辦理采伐手續的同時，有部分農戶違背林政管理規定進行了采伐。該縣林業局發現后，隨即向全縣各鄉鎮及林業站下發了關于禁止采伐天然林的緊急通知，同時，凍結了計劃暫停辦證，但是，由于縣林業局、鄉鎮及林業站監管措施不力，對通知督辦落實不到位，指使該鎮部分砍伐行為仍在繼續，導致１１個村、１個林場自２００３年１１月至２００４年２月，共采伐培植材３４８０．７立方米，超批準計劃方量１５５４．５立方米。事發后，該縣紀檢監察部門對相關人員相繼做出黨內及行政處分，各新聞媒體也對此事予以報道。該縣檢察院瀆職檢察部門欲對林業站相關人員以玩忽職守罪追究刑事責任。當偵查監督部門提前介入案件后，發現案件即有領導以發展經濟為由而違背法律法規的行為責任，也有林業站的監管不力的責任，各自的責任大小無法確定，加之具體損失無法量化，根據玩忽職守的犯罪構成，此案無法以此罪追究刑事責任。