衛生部曾經頒布了29種中藥材是有毒藥材，這些有毒中藥在使用上是嚴格進行監控的。2000版的藥典上列出了70種中藥有大毒、中毒、小毒，這些藥材在使用上也要比較慎重。近年來，國家食品藥品監督管理局成立了不良反應監測中心、再評價中心，全國也成立了相應的機構，科研部門也投入了相應的力量進行研究，中藥安全性研究進展比較快，但是仍然還存在一些問題。目前主要的問題大概有以下七個方面：

　　1.近年多從天然植物藥角度研究，重點是研究單味藥或者它的化學成分，而在中醫理論指導下進行研究做得不夠。

　　2.目前的研究多從化學角度研究，重點是化學成分、含量等，而這些研究和藥效、毒理的結合很不夠。

　　3.多從一方、一藥、一種成分研究，而對多種成分、多種藥物復方制劑的規律性研究不夠。

　　4.對宏觀規律、政策措施、行政管理方面研究不夠，往往是盯著一方一藥，而對于總體規律研究得不夠。

　　5.主動出擊、超前研究、防患于未然做得很不夠，多半是被動挨打，事后堵窟窿。今天發現馬兜鈴酸有毒馬上采取緊急措施，明天發現魚腥草有問題，又組織力量檢查，采取緊急對策。

　　6.對于中藥注射劑，特別是那些老品種，由地標升部頒標準的品種，有相當一部分科研水平沒有達到今天的新藥水平，停留在上世紀50年代、60年代、70年代的水平上，這些藥在臨床應用中就是一個很大的隱患。現在出了問題的是魚腥草注射劑，但是將來還可能有第二個、第三個注射劑出問題，所以這方面亟待研究解決。

　　7.同一個產品多家生產，這是造成不良反應的一個高危因素。2005年國家食品藥品監督管理局大約批了六七千種中藥“新藥”，其中絕大部分是一個品種多家生產，比如魚腥草注射劑被批準生產的藥廠就有195家。一個制劑或者一個品種多家生產很難控制質量，很容易出問題，魚腥草的問題和這有很大的關系。