生藥學和中藥學均是以天然產物（植物為主、包括動物和礦物類藥物)為研究對象，就像中醫與西醫診治的客觀主體都是人一般。正由于研究的對象基本相同，兩者的發展脈絡具有明顯的異同點。

　　一、博物而致知

　　生藥學和中藥學都具有博物學研究的特點，研究對象直接取材于廣闊的自然界，把動植物資源當作主要藥物原料進行研究的學科。所以西方早期研究生藥的專家開始多半是著名的博物學家（naturist）和醫學家，而且他們往往都是出色的植物學家。這與我國的中藥學家十分相似。
　　我國偉大的醫藥學家李時珍就是一位典型的博物科學家，他所建立的新藥物分類法（16綱60目），不僅系統地記錄了各種自然界的藥物知識，而且這個藥物系統很符合自然屬性與一些動植物的進化規律，如水菜類相當于現代的藻類；芝（木而）類相當于真菌類擔子菌綱。李時珍命名了“石油”，并且指出石油的產地有肅州、延州等地，與我國近代石油工業的誕生地基本相合。

　　二、中藥學與生藥學的區別

　　東西方科學研究的方法論不同，造成其宏觀研究與微觀研究的取向不同，這種區別可以說是導致了中藥學和生藥學研究模式的不同。
　　1930年以來，毛細管分析法、比色法、分光光度計、熒光分析法和柱層析、紙層析逐漸成為生藥的基本鑒定方法；在藥物學研究方面，藥物作用強度（生物效價）之測定方法也得到迅速發展。至1960年后，紫外光譜、紅外光譜、薄層色譜、薄層色譜光密度法、氣相色譜、高效液相色譜、核磁共振、質譜等現代儀器分析方法，以及高倍的電子顯微鏡、X射線衍射法、熱解薄層分析法（TAS）相繼問世，生藥化學成分的分析、生藥超微結構的鑒定、有效成分定性定量的測定逐漸成為生藥學研究的主流導向，即微觀方法在近一百年中占據了絕對統治的地位。

　　而中藥學又是走的怎樣的道路呢？
　　中藥的四氣五味、升降浮沉、引經報使等理論是中醫藥學獨有的特色。其中，中藥的歸經學說在易水學派張元素之前并沒有形成系統的理論，只是在零散的本草記載和個別醫家的經驗中收錄。另外還有李東垣、王好古等繼承和發揚古湯液本草派的成就，以《內經》理論為源頭全新詮釋了“藥食同源”的中醫藥基本學術體系，構建出了四時用藥、氣味理論、歸經理論、引經報使、升降浮沉、制方理論等重要的框架內容，被后世一直沿用至今。明代李時珍在評價易水張元素所開創的中醫藥學成就時，稱其“大揚醫理，《靈》《素》之下，一人而已”， 李氏本人也是把這些醫學理論實現藥物具體化的集大成式的人物。

　　因此，“醫藥合一”成為中醫學的根本特色之一；而民國之初，由于西學東漸，導致的那場“廢除中醫”運動中余云岫所主張的“廢醫存藥”的觀點，至今還在影響和左右著許多學者的認識論和方法論。皮之不存，毛將安附？如果沒有中醫理論指導，會開中藥的人就越來越少；假如沒有人會開中藥，世界上就沒人知道中藥有效。所以說，沒有了中醫理論指導的中藥研發，恐怕不能稱之為“中藥創新”！那么，要想真正創新，就必須走出醫藥兩分的暗區！

　　這里，我們是否還能從植物進化之于醫藥學的影響，認識和探討中藥治病的道理呢？植物比動物至少早進化2億年，因為發現植物化石的最早紀錄要比動物化石早。這可能就是為什么從植物中總能尋找到對抗人類新疾病的有效藥物的答案之一。植物不僅是人類氧氣（綠色植物的光合作用）和糧食的來源，而且是生態維護和防治水土流失的尖兵。植物還能夠抗污染、防輻射，對抗人類居處環境中不自然的或有害的因素，對抗人體的疾病和不健康狀態，從而起到保護大自然、保護人類的重要作用。可以說植物為生命的源泉，因為它能從無機物合成有機物。而植物能夠有效調護人體健康的作用，正好被中國的醫藥學家所發現并延續發展了幾千年，成為了現在的中醫藥學。

　　三、論學科交*

　　西方20世紀前的“草藥學”歷來也有單方（Simplica）和復方（Compositae）之分。似乎列文虎克顯微鏡的發現，扭轉了西方生命科學的運行軌跡。微觀研究已成為今天科學的主流。那么，宏觀研究的醫藥學陣地由誰來堅守呢？中藥復方的研究從何入手？由何突破呢？
　　當今，學科的邊緣化已成為一種不可逆轉的趨勢。由于生物遺傳技術的發展，對經濟價值較大的藥用作物進行選種、雜交、嫁接，篩選優質品種和維持生藥品質；利用人工方法促使植物遺傳因子的突變和多倍體植物的形成，利用示蹤原子探索有效成分在植物體內形成過程和影響因素，研究次生代謝產物的起源和積累等，均已獲得進展。由于植物化學成分知識的大量積累，針對各類植物的化學成分與其親緣關系的研究被稱為植物化學分類學（Plant Chemotaxonomy）。現代生藥學科已逐步擴展成為包涵運用植物化學、生物化學、細胞生物學、植物生理學、遺傳學，以及資源植物學、生態地植物學等知識來研究探討天然藥物的來源、分類、資源開發、遺傳育種、種質優勢、生產評價、生物合成、藥效藥理、毒理變化、微生物轉化等重要內容的綜合性學科，而與有機化學和植物化學的關系最為緊密。
　　作為藥學的一個分支，生藥學與植物學就像一對孿生姐妹；而當今天植物學的研究整體趨向于微觀化和化學，這也使得生藥學在發展方向上與醫學、特別是臨床醫學的距離越來越遠。
　　總而言之，生藥學現代發展的一個前提，都是以有效化學成分研究為核心，在有效成分明確的條件下進行的。而針對化學成分不明的有效藥物該怎樣認識和研究呢？