在司法保障方面，中國對侵犯公民宗教信仰自由權利的行為有明確的懲處規定。如《刑法》第二百五十一條規定：“國家機關工作人員非法剝奪公民的宗教信仰自由和侵犯少數民族風俗習慣，情節嚴重的，處二年以下有期徒刑或者拘役。”人民檢察院也在《直接受理的侵犯公民民主權利、人身權利和瀆職案件立案標準的決定》中規定，對國家工作人員非法剝奪他人正當的宗教信仰自由，如干涉他人正常的宗教活動或者強迫教徒退教，強迫公民信教或信某一教派，情節惡劣，后果嚴重，影響很壞的行為，以及非法封閉或搗毀合法宗教場所及其他宗教設施的行為等，應予立案。近年來，中國司法部門依法審理了若干起違反國家有關法律、嚴重傷害教徒宗教感情的案件，對責任者予以懲處。

　　在行政保障方面，中國各級政府設立了宗教事務部門，對有關宗教的法律、法規的貫徹實施進行行政管理和監督，具體落實和執行宗教信仰自由政策。政府宗教事務部門不干涉宗教團體和宗教活動場所的內部事務。

　　與世界上一些國家一樣，中國的宗教團體和宗教活動場所需依法向政府履行登記手續。宗教活動場所申請登記應具備基本的條件：有固定的處所和名稱；有經常參加宗教活動的信教公民；有信教公民組成的管理組織；有主持宗教活動的宗教教職人員或符合各宗教規定的人員；有管理規章；有合法的經濟收入。對不完全具備設立條件或在管理上存在一些突出問題的宗教活動場所政府部門予以暫緩登記或臨時登記。對那些不具備登記條件的，如非法占用土地，違反城市規劃法規，私自建立宗教設施的；假冒宗教教職人員擅自設立的；打著宗教的招牌，進行“驅魔趕鬼”等迷信活動的處所等，政府部門則不準予登記。宗教活動場所一經依法登記，便獲取合法地位，其合法權益受到保護；遇有侵犯其權益的行為，宗教活動場所管理組織有權向政府有關行政機關申訴，直至向人民法院起訴，尋求行政和法律保護。對基督教教徒按照宗教習慣，在自己家里舉行以親友為主參加的禱告、讀經等宗教活動(中國基督教習慣稱之為“家庭聚會”)，不要求登記。

　　作為人民行使權力的機關的中國各級人民代表大會，以及在國家政治生活、社會生活中有重要作用的政治協商會議，對宗教信仰自由政策和法律規定的貫徹執行情況實施監督。在各級人民代表大會、政治協商會議中，有近1.7萬名宗教界人士擔任代表、委員。他們代表宗教界在人大、政協會議上參與國家大事和社會重要問題的討論，并就政府涉及宗教的工作提出意見、建議、批評或議案、提案。僅1993年至1996年，國務院宗教事務局辦復全國人大代表建議和全國政協提案就達50余件。